Au début du XXe siècle, la chapelle, ses dépendances et ses terres appartiennent à la famille Chauxcouillon et cela depuis une période très ancienne. En effet, une pierre tombale, qui se trouve alors dans la chapelle, mentionne une épidémie de peste en 1588 avec la mention du nom de Chauxcouillon. Le 1er mai 1938, l'ensemble des terres et des bâtiments agricoles, biens propres d'Alexis Chauxcouillon sont vendus par adjudication, à l'exception de la chapelle et de la parcelle sur laquelle elle est implantée, en raison de la présence de sépultures de la famille Chauxcouillon. La seconde guerre mondiale ayant conduit à la dispersion de cette famille sur le territoire français, plus aucun travail d'entretien n'est mené sur la chapelle jusqu'en 1961, date à laquelle M. Bordes-Pages, petit fils d'Alexis Chauxcouillon, préoccupé par la dégradation de l'édifice, prend contact avec l'abbé Jacques Choux, Conservateur du Musée Lorrain, afin d'envisager de résoudre les problèmes que la chapelle de Libdeau risque de connaître par la suite. Ce dernier visite la chapelle et fait le 10 juillet 1961 la proposition suivante :

  « Pour les trois pierres tombales, nous les enlèverions toutes les trois mais en attendant d'avoir une place suffisante, nous ne présenterionsque celle     de 1588 qui évoque une épidémie de peste. Les deux autres seraient mises en réserve. Si l'enlèvement de ces dalles amènerait la découverte de restes humains, nous ferions le nécessaire pour leur assurer une place décente à déterminer si le cas se présente. Pour la sculpture de la porte, nous prendrions l'ensemble de la porte qui serait remontée dans une des galerie du musée. Le mur serait rebouché par nos soins, afin d'éviter tout affaissement des maçonneries et de ne causer aucun préjudice au bâtiment. »
A la suite de cette proposition, M. BORDES-PAGES recueille l'accord de ses co-indivisaires et les pierres sont enlevées courant de l'année 1962. La porte est remontée dans une galerie au rez-de-chaussée du Musée Historique Lorrain. Une plaque mentionne son origine et précise aux visiteurs qu'elle provient d'un don de la famille CHAUXCOUILLON : « Portail de la commanderie de Libdeau début du XIVe siècle. Don des héritiers BORDES-PAGES.»

En 1961 puis en 1968, deux projets de vente de la chapelle avortent. Par la suite, la chapelle et son état ne préoccupent plus beaucoup les esprits jusqu'en 1992, année où Pierre Simonin lui consacre un article dans la revue « Le pays lorrain » et le docteur Hachet un autre dans la revue « Les études touloises ». En 1995, la chapelle fait l'objet d'une inscription à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques :

Par arrêté n°95-SGAR 38 en date du 6 février 1995, Monsieur le Préfet
de la région Lorraine :
« ...Considérant que l'ancienne chapelle de la Commanderie de Libdeau, unique vestige de l'architecture templière en Lorraine à l'aube de la suppression de l'ordre, présente un intêrét public pour l'histoire et en raison de la qualité de son architecture :
ARRETE :
article 1er : Est inscrite à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques, en totalité y compris la parcelle de sol attenante, l'ancienne chapelle de la commanderie des templiers de Libdeau, située sur les parcelles 161 et 160, d'une contenance respectives de 1a 63ca et 13a 8ca, figurant au cadastre section E, lieu-dit Libdeau à Toul (Meurthe-et-Moselle) et appartenant à M. Jean BORDES-PAGES et copropriétaires, demeurant quai Bordes-Pagès à Seix (Ariège). Les intéressés en sont propriétaires par succession depuis une date antérieure au 1er janvier 1956;
article 2 : Le présent arrêté sera publié au bureau des hypothèques.
article 3 : Il sera notifié aux propriétaires intéressés qui seront responsables, chacun en ce qui le concerne de son exécution.» 

Cet arrêté a pour but de protéger la chapelle, c'est à dire que rien ne peut être matériellement entrepris sur cet immeuble, sans avoir préalablement été autorisé par les services administratifs qui traitent des monuments historiques. Ces services contrôlent par la suite l'exécution des travaux autorisés. Ces contraintes et le devoir de protéger l'édifice engendrent nécessairement pour les propriétaires des charges matérielles difficilement supportables pour eux. C'est pourquoi une cession du bien est envisagée dès lors comme une issue inévitable. En 1995, une première proposition d'acquisition est faite par un entrepreneur du bâtiment de la région de Pont-à-Mousson, Régis Maddalon, habitué à travailler pour les monuments historiques, donc bien informé des contraintes imposées. Malheureusement, un désaccord entre les co-indivisaires met un terme à ce projet. Enfin, en 2009, M. et Mme Philippe Frigério, originaire de Liverdun et connaissant bien l'histoire de cette chapelle, entreprennent la recherche des héritiers et se proposent de l'acquérir. Ils projettent un plan de restauration s'étalant sur une quinzaine d'années. Grâce au travail réalisé par Me Person, notaire à Toul, une partie des coindivisaires est retrouvée et donnent par écrit leur accord pour la réalisation de cette vente qui sera signée le 17 novembre 2012. Mais le sort s'acharne sur la chapelle, dont la toiture est déjà bien fragilisée par le manque d'entretien depuis 1938. En effet, l'hiver 2010-2011, particulièrement difficile et fourni en neige, finit par avoir raison d'une partie du pan sud de la toiture, qui s'effondre sur la première travée. Par miracle, les croisées d'ogive résistent mais désormais sans couverture, elles sont soumises à l'eau et au gel qui peuvent cette fois-ci entraîner la ruine complète d'une partie de la chapelle. Devant l'urgence à engager des travaux de sauvegarde et l'ampleur de leurs coûts difficilement assimilable par un simple particulier, M. Frigério suspend temporairement les démarches d'acquisition mais ne renonce pas à sauver Libdeau.